新生儿的天然免疫能力不够成熟，体温调节中枢也没与发育完善，如果护理不当、感染某些疾病或者是环境温度过高等，都会引起新生儿发烧。
感染性疾病是导致大部分新生儿发烧的原因，感染分为细菌感染和病*感染。新生儿因为免疫力低下，抵抗力不强，一旦发生感染病情进展十分迅速，如果没有及时进行诊断并接受治疗的话极易导致败血症、脓*症以及脑膜炎等病情发生，严重的话还会引起感染性休克。
细菌感染有溶血链球菌、流感病菌、流感嗜血杆菌等等。
病*感染也会导致新生儿发热，病*常作用于呼吸道和消化道。常见病*感染包括肠道病*的感染、异病*感染、巨细胞病*感染以及单疱病*感染等。病*在作用于机体过后，会引发致热性细胞因子，致热性细胞因子则作用于宝宝的体温中枢，使得体温上升。
炎症性症状也会导致新生儿发热，比如炎症性疾病、新生儿期不完全川崎以及新生儿期的结缔组织病。
保暖过度也会导致新生儿发烧，因为新生儿体质较弱，因此很多家长都会将新生儿包裹得很严实。但是新生儿的体温调节中枢并没有发育完全，无法像成人一样及时调节散热，就会导致新生儿的体温上升，发热，严重的还会引发蒙被综合征，还有可能会导致新生儿有缺氧缺血性脑损伤。
如果新生儿发热是因为细菌感染引起的，除了发热以外新生儿还会出现四肢末端发凉、不哭、不吃、呕吐、腹泻或者是呼吸困难的症状，如果有*疸*疸会持续不退，心跳过速或者是过缓、尿少或者是无尿、嗜睡、原始反应减弱等症状。
一般情况下如果家庭成员患有感染性疾病的时候接触了新生儿，就有交叉感染的风险导致新生儿发热；另外如果新生儿出生后护理不当导致肚脐部有化脓、甚至渗血时也会容易出现感染发热；另外如果是先天发育异常的新生儿也会散热苦难、经常发热等。
新生儿发热后，首先要明确发热的原因，因为细菌感染是常见的致病因，所以可以用鲎试剂来做细菌内*素检查，明确新生儿是否是因为细菌感染而发热的，可用以辅助判断新生儿的病情及排查病因，以便新生儿能够得到更快更好的治疗。