益生菌不仅有助缓解腹泻，中华预防医学会发布的《益生菌儿科临床应用循证指南》指出，它还能减少呼吸道感染发生次数、发热时间和咳嗽等，呼吸道感染的宝宝也可使用。
反复呼吸道感染是小儿常见的临床现象，免疫力低、营养不良、患基础疾病、护理不当、滥用药等都可能致病。如果孩子有呼吸道感染问题，可在医生指导下服用益生菌，以提高胃肠道、呼吸道、泌尿生殖道黏膜的免疫力，减少痰多、咳嗽、气喘等症状。
目前，我国使用的益生菌有20余种，主要有双歧杆菌、乳杆菌、酪酸梭菌、布拉酵母菌、肠球菌、地衣芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌等。预防反复呼吸道感染，推荐口服酪酸梭菌活菌散剂、酪酸梭菌二联活菌散和双歧杆菌三联活菌散。由于肠道菌群紊乱程度和方式存在个体差异，不同患者对同一药物、同一剂量的效果也不同，因此一定要遵医嘱。
给孩子使用益生菌时要格外注意：部分益生菌辅剂中含有牛奶，不耐受的患儿可能诱发过敏；益生菌为活的微生物，应避免与抗生素同时服用；有些益生菌制剂需要低温保存（2℃~8℃）。服用时，水温以35℃~40℃为宜，冲调水量不超过80毫升，冲泡后尽量在半小时内服用完。饭后胃酸浓度降低，更有利于活菌顺利到达肠道发挥作用，所以最好饭后20分钟再服用。