摘要
呼吸道微生物组学的研究明显少于肠道微生物组学。尽管在呼吸机相关性肺炎（VAP）和急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中呼吸道菌群失调具有重要意义，但重症监护室机械通气患者中气道菌群的研究却很少。部分研究发现下呼吸道和口咽道的细菌种群之间存在交叉重叠；且菌群相对丰富的细菌难以通过标准方法进行培养。
在机械通气条件下，呼吸道微生物多样性随着通气时间延长而降低。在VAP发生过程中，呼吸道微生物生态失调，其特征是菌群向占主导地位的细菌病原体转移（主要是变形杆菌），而肠道相关细菌的富集（主要是肠杆菌科）是区分ARDS患者的典型特征。但这种生态失调在VAP和ARDS发病机制中的作用尚不明确。
对细菌、病*和真菌之间相互作用的深入分析以及对宿主-微生物相互作用的深入理解，可以更全面的了解微生物组学在VAP和ARDS发病机制中的作用。
本文就关于机械通气患者呼吸道微生物研究的现状、应用前景以及潜在临床应用价值作描述性综述。
介绍
由于传统检测方法较差的敏感性，一直认为肺是无菌的。但是随着非传统培养技术的发展，特别是高通量测序，这一理念受到挑战。许多微生物包括细菌、病*和真菌，共存于健康人的肺中，构成呼吸道微生物群。即使目前使用了16SrRNA基因测序技术，但对肺部微生物群的研究还局限于单一的细菌微生物群阶段。
同慢性呼吸系统疾病相比，在重症监护医学领域的相关研究尚处于起步阶段，但是同肠道菌群失调一样，呼吸道微生物群与宿主的相互作用以及失调也极有可能在慢性炎症性疾病（如哮喘）、慢性阻塞性肺疾病（COPD）和囊性纤维化疾病的病理生理学机制中起关键作用。
此外，目前并没有研究