急性呼吸道感染是儿童最常见的感染性疾病，严重威胁儿童生命健康。快速准确的病原学诊断对于该类疾病的临床诊疗及防控具有重要意义。核酸检测方法因具有较高的灵敏度和特异性，得以快速地在临床推广应用，成为呼吸道感染病原体诊断的主要方法。为规范儿童呼吸道感染病原体核酸检测的临床应用，提升病原体的诊断水平，特组织相关领域专家，撰写《儿童呼吸道感染病原体核酸检测专家共识》，以指导儿童呼吸道感染病原体的核酸检测，整体提升儿童呼吸道感染病原体的诊断能力。
一、呼吸道病原体核酸检测方法
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病原体基因组序列依赖性核酸检测方法
采用靶向病原体基因组的引物，通过链特异性延伸、杂交、编辑等方式实现靶向目标序列的扩增，获得可被检测到的信号，这是病原体检测常用的技术方法。常用的方法包括以下几类。??实时荧光定量PCR（real-timePCR）??等温扩增技术
??核酸即时检测
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病原体基因组序列非依赖性核酸检测方法
mNGS是非序列依赖的新型核酸检测方法，是新发突发传染病和临床未知病原体鉴定的重要技术方法。mNGS是用高通量测序平台对感染部位样本中提取的核酸进行高通量测序，通过将测序数据与数据库序列的比对分析，获得样本中包含的病*、细菌、真菌和寄生虫等的病原微生物种类。
该方法不依赖特异性的引物扩增，以非序列依赖、无偏倚性、适用于各种临床样本等特点，在呼吸道感染的病原体检测和研究中具有较其他分子检测技术不可比拟的优势。对于儿童呼吸道感染，在病因不明且病情危重需要尽快明确病原体、疑似新发或特殊病原体感染、传统微生物检测技术多次阴性且治疗效果不佳等情况下，可以在常规病原检测的同时或在其基础上对样本进行mNGS分析，以高效获取感染病原体的信息。
二、呼吸道病原体核酸检测
适用的人群推荐
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门诊患儿
急性上呼吸道感染：一般不常规进行呼吸道病原体的核酸检测，但对于有特异性抗病*药物的病*感染，如流感病*，可视条件或在其他检测方法不能明确诊断时，使用核酸检测，有利于抗病*药物的合理应用。
急性下呼吸道感染或有心肺等重要脏器的基础疾病、免疫功能异常的急性呼吸道感染患儿，建议根据患儿年龄、临床特征和发病季节等及时选用可疑病原的核酸检测方法进行病原学确定，尽快明确病原体，有助于患儿治疗方案的确定和后续管理。
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病急诊及住院患儿
对有急诊适应证及所有因急性呼吸道感染性疾病住院、住院期间新出现呼吸道感染症状（伴或不伴发热）、或出现不明原因的呼吸窘迫、慢性心肺疾病急性恶化、血液病、肿瘤患儿出现中性粒细胞减少/缺乏伴发热的，应根据年龄、临床特征和发病季节等，推荐选择核酸检测方法进行病原学诊断，为鉴别诊断需要可采用多重核酸检测。
有急性呼吸道感染的危重症患儿，建议首选多重核酸检测。若常规核酸检测不能明确病原，推荐采用mNGS进行病原学检测。
三、病原体核酸检测的
推荐标本类型及选择
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适宜标本类型
上呼吸道标本主要有鼻拭子（nasalswab，NS)、口咽拭子（oropharyngealswabs，OPS）、鼻咽拭子（nasopharyngealswab，NPS）、鼻咽吸取物（nasopharyngealaspirates，NPA）、鼻腔洗液（nasalwashing，NW）和咽洗液等。SARS-CoV-2感染流行以来，上呼吸道各种标本的组合也得到了验证，使用OPS和前鼻孔取样的配对采集被证明与NPS采集的效能相当。唾液和咽喉漱口水等非侵入性方法易于采集，并可用于大规模人群监测，也被广泛